El mercurio emitido por la pequeña minería, se acumula en los sedimentos de los ríos y en los suelos principalmente como mercurio metálico (o en algunos compuestos inorgánicos, como nitrato de mercurio, ver subtítulo 5.3.2.3. El mercurio metálico por la acción de bacterias se convierte en mercurio orgánico (42), especialmente metilmercurio. Esta forma de mercurio por la cadena trófica (microorganismos –invertebrados acuáticos– peces) se concentra y acumula en los peces, especialmente en los peces carnívoros. El factor de concentración de agua: pez puede alcanzar valores de hasta 1:5000 para mercurio metálico y de hasta 1:100.000 para mercurio orgánico. Todavía faltan datos exactos sobre la conversión de mercurio metálico a metilmercurio en varias condiciones ambientales. Se estima que no más del 1% del mercurio metálico en los sedimentos se convierte en metilmercurio (36).

La concentración de metilmercurio en los peces generalmente está relacionada con su tamaño y nicho ecológico. Concentraciones tan altas como 1 mg/kg han sido reportadas en predadores de mar abierto, tales como el pez espada y el atún. Sin embargo, en aguas industriales contaminadas, los niveles de metilmercurio podrían exceder los 10mg/kg en el tejido musculoso de los peces. La acumulación de mercurio en los peces está relacionada también con la edad y su posición en la cadena alimenticia. Los animales terrestres muy raramente tienen niveles de mercurio en su tejido muscular que exceda 50 mg/kg (50 ppb) (36).

El accidente más grave y conocido ocurrió en los años 60 en Minamata, Japón. De una fábrica de cloruro de vinilo, fueron descargadas aguas contaminadas con mercurio que eventualmente llegaron a la bahía de Minamata. La acumulación del metilmercurio en los peces y mariscos de la bahía y su posterior consumo por humanos y animales resultó en un masivo envenenamiento por metilmercurio (43).